Según los informes, Marsinah desapareció alrededor de las 22:00 WIB del miércoles 5 de mayo de 1993. Anteriormente, según los informes, Marsinah quería protestar porque sus amigos se llamaban Pasi Intel Kodim 0816 Sidoarjo; fue vista por última vez en Tugu Kuning, Siring Village.
El activista desapareció sin decir palabra y no pudo ser contactado. No fue encontrado en el lugar alquilado donde vivía ni en su lugar de trabajo.
Cuatro días después de su desaparición, el 9 de mayo de 1993, Marsinah fue encontrada muerta en el bosque de teca de Wilangan, Jegong Hamlet, Wilangan Village.
Su cuerpo estaba cubierto de hematomas por haber sido golpeado por un objeto duro. Tenía ambas muñecas magulladas, el hueso pélvico destrozado, se encontraron manchas de sangre entre los muslos y en la misma parte había una tela blanca manchada de sangre. Su cuerpo fue evacuado al Hospital General Regional de Nganjuk. Marsinah tiene fuertes sospechas de haber sido asesinado.
A finales de septiembre de 1993, el gobierno formó el Equipo Integrado Bakorstanasda de Java Oriental. Como resultado, 9 funcionarios de alto rango y empleados de PT CPS fueron nombrados sospechosos. Sin embargo, en el proceso judicial se descubrieron muchas irregularidades.
Una serie de irregularidades incluyen la cancelación del BAP, la denegación de testimonios y la falta de testigos en el momento del incidente. De hecho, dos años después de la muerte de Marsinah, los acusados fueron liberados de las penas que les habían sido impuestas.